氧化類
殺菌機理是釋放出新生態原子氧、氧化菌體中的活性基團；殺菌特點是作用快而強，能殺死所有微生物，包括細菌芽孢、病毒。以表面消毒為主，如二氧化氯、雙氧水、臭氧、次氯酸鈉等，該類消毒劑為滅菌劑。
醛類
殺菌機理是使蛋白變性或烷基化；殺菌特點是對細菌、芽孢、真菌、病毒均有效。但溫度影響較大。如甲醛、戊二醛等。該類消毒劑可做滅菌劑使用。
酚類
殺菌機理是使蛋白變性、沉淀或使酶系統失活；殺菌特點是對真菌和部分病毒有效。
醇類
殺菌機理是使蛋白變性,干擾代謝；殺菌特點是對細菌有效，對芽孢、真菌、病毒無效，如乙醇、乙丙醇等。該類消毒劑為中效消毒劑，只能用于一般性消毒。
堿、鹽類
殺菌機理是使蛋白變性、沉淀或溶解；殺菌特點是能殺死細菌繁殖體，能殺死細菌芽孢、病毒和一些難殺死的微生物。殺菌作用強，有強腐蝕性，如氫氧化鈉，氧化鈣，食鹽（無腐蝕性）等。一般只能作為預防消毒液和滅菌洗滌液。
鹵素類
殺菌機理是氧化菌體中的活性基因，與氨基結合使蛋白變性；特點是能殺死大部分微生物，以表面消毒為主，性質不穩定，殺菌效果受環境條件影響大，如次氯酸鈉、優氯凈等。該類消毒劑為中效消毒液，可以作為一般消毒劑使用。
表面活性劑類
殺菌機理是改變細胞膜透性，使細胞質外漏，妨礙呼吸或使蛋白酶變性；殺菌特點是能殺死細菌繁殖體，但對芽孢、真菌、病毒、結核病菌作用差。堿性、中性條件下效果好，如新潔爾滅、百毒殺等。該類消毒劑為中低效消毒劑，可以作為一般消毒劑使用。